Til tømningsdriften af vandudskilleren, hvad enten det er til konventionel brug eller til sættevognsbrug, er de grundlæggende trin ens. Find først vandudskilleren på køretøjet, som normalt er placeret i nærheden af brændstoftanken og er cylindrisk. Under grovfilteret i bunden af vandudskilleren finder du en knop eller skrue. Skru forsigtigt denne knap eller skrue af mod uret, og vandet vil løbe naturligt ud. Når vandet er løbet rent, skal du spænde knappen eller skruen med uret, og køretøjet kan genoptage normal brug.
Hvis det udstrømmende vand viser sig at være snavset, kan du sprøjte rent vand ind i vandudskilleren til skylning for at forhindre, at indervæggen oxideres af snavs. Derudover er regelmæssig aftapning og udskiftning af vandudskilleren en vigtig foranstaltning for at holde den i god stand. Det anbefales generelt at justere udskiftningstiden efter faktisk forbrug og brændstofkvalitet, normalt efter et vist antal kilometer.